在使用万方查重进行论文查重时，为了排除自我引用，可以采取以下方法：首先，将待查重的文献与自身已发表的论文进行比对，标记已发表部分；其次，在查重系统中设置排除已发表部分的选项；最后，对查重结果进行人工核对，确保结果准确无误。通过以上步骤，可以有效避免万方查重中的自我引用问题。

另外，为了进一步提高查重的准确性，建议在写作过程中就避免自我引用现象，避免将已发表的论文再次引用到新的文献中。同时，及时更新已发表论文的引用信息，保持文献库的完整性。这样不仅可以避免万方查重时的自我引用问题，也有利于学术研究的规范和提升。