万方查重工具常用的对重复内容的标记有：1.相似度标记，显示内容相似度；2.重复标记，标记重复内容；3.来源标记，标记内容来源。对于这些标记，网站管理员可以通过优化原创内容、增加价值信息、更新内容等方式进行应对，提升网站质量和排名。

在面对万方查重工具的重复内容标记时，网站管理员可以采取一些方法进行处理：1.删除重复内容，保持网站内容的独特性；2.更新原创内容，增加新颖性和独特性；3.增加价值信息，提供更有用的内容；4.定期更新内容，保持网站活跃性。这些方法可以帮助网站避免重复内容标记，提升用户体验和网站排名。